TVarhany s romantickým charakterem jednotlivých hlasů disponují celkem 19 původními znějícími rejstříky, traktura varhan je plně mechanická s kuželkovými vzdušnicemi. V prospektu nástroje je umístěno 42 znějících píšťal z anglického cínu. Varhany mají celkem 942 píšťal, z toho 353 dřevěných a dalších 547 z cínoolověné slitiny. Tlak vzduchu je 91 mm Vs a lze jej považovat za původní. Autentická je rovnoměrná temperatura, výška ladění komorního a1=449 Hz při 24,5 Cº. Míra dochování jednotlivých částí a dílů včetně intonace píšťal a vlastního zvuku nástroje je unikátní, což potvrdila i jeho detailní dokumentace v rámci projektu Ministerstva kultury „Program na podporu aplikovaného výzkumu v oblasti národní a kulturní identity“ v r. 2014.
Během 150 let existence neprodělaly varhany větších změn. V roce 1899 byly vyčištěny, totéž nastalo r. 1912. V roce 1930 byl k varhanám připojený elektrický ventilátor, zároveň byly varhany rozšířeny pneumatickým dodatkem o další dva rejstříky a kompletně vyčištěny. Do roku 1945 se o nástroj staral Rudolf Kolb, jeden z pekařovských varhanářů. Vlivem válečných útrap naštěstí nedošlo k rekvizici prospektových píšťal. Poslední větší oprava nastala v roce 1999 v souvislosti s obnovou kostela po ničivých povodních. V posledních letech bylo zřejmé, že varhany jsou na konci provozuschopnosti. Ve dřevěných částech se vyskytuje červotoč, veškeré použité materiály z plsti a kůže jsou vlivem stáří na konci životnosti. Také statika varhanní skříně je lokálně narušena. Kovové píšťaly jsou vlivem nešetrného dolaďování poškozeny. Veškeré mechanické komponenty jsou znečištěné, dílem částečně poškozené, vliv zvuku a kvalita přednesu hudby je z velké částí omezena. Charakter varhanního zvuku s jednotlivými rejstříky je však stále jedinečný.
Na sklonku minulého roku proběhlo otevřené výběrové řízení na restaurování varhan. Vítězným zhotovitelem se stal varhanář/restaurátor Ivo Roháč z Olomouce se svým týmem. Dekor varhanní skříně v rámci subdodávky obstará akademický malíř Tomáš Surma z Olomouce. Varhany byly v jarních měsících rozebrány, na kůru kostela zůstává pouze prázdná varhanní skříň. Náročné práce by měly být hotovy na podzim roku 2029. Cena za dílo je rozpočtována na 6 267 800 Kč včetně 21% DPH.
Během prvních let obnovy dojde ke kompletnímu restaurování varhanního stolu, vzduchového hospodářství i k samotné truhlářské podstatě varhanní skříně. Poté budou zrestaurovány kuželkové vzdušnice s hrací i rejstříkovou trakturou. Kompletně budou zrestaurovány kovové i dřevěné píšťaly v obou manuálech i pedálu. Náročné práce by měly být hotovy na podzim roku 2029.
